Grand Schisme
Le 'Grand Schisme', est une guerre entre les deux factions, les Loyalistes et le Séparatistes Covenants, qui se sont scindées en Octobre 2552. Au cours de la guerre civile Covenante, les trois principales factions ont combattu pour la victoire: Les Humains et leurs alliés séparatistes, les loyalistes dirigés par les San 'Shyuum et les Jiralhanae, ainsi que Gravemind et les Floods, qui ont pris le Holy City Covenant de High Charity, dans le but d'assimiler les autres factions belligérantes.
Le Conflit éclate
Après que le Prophète du Regret ait été tué par le Master Chief, les deux autres Prophètes, et plus particulièrement le Haut Prophète de la Vérité, réorganisa la société Covenante, en remplaçant les Elites par les Brutes en tant que Garde d'honneur et Protecteurs du Prophète. Les élites, ont vécu cela comme une violation du principe que le Pacte avait été fondé ainsi et ont menacé de démissionner du Haut Conseil. Ils ont aussi fait valoir que si Vérité n'avait pas retiré les Phantoms qui étaient en route pour épauler et protéger Regret, la mort du prophète aurait été évitée et le Demon aurait été tué plutôt que le Prophète.
Cependant, Vérité rétrograda les Elites en donnant le commandement de leur flotte aux Brutes. Une fois que suffisamment de Brutes étaient en place, Vérité ordonna secrètement l'assassinat de nombreux Conseillers Elites. Cela a été dissimulé sous une insurrection brutale contre les Elites, les Hunters et la plupart des Grunts. Les Factions loyalistes ont été amenées à croire qu'il s'agissait d'une révolte Elite. Après le meurtre de membres du Conseil des l'Elite, la guerre a éclaté sur High Charity, les deux parties s'invectivaient rapidement. Toutefois, ce fut d'abord un débat sur l'orthodoxie et le leadership. La véritable scission s'est produite lorsque les Elites appris la vérité sur les Halos et Le grand voyage. Leur désillusion a vu changer l'objectif de la pureté du Covenant, et activement à lutter contre elle.
La scission ne s'est pas nettement divisée en deux races ou factions. Les Loyalistes suivirent les Prophètes, incluant les Brutes, Jackals, Drones, quelques Grunts et quelques Hunters. Les Séparatistes comptaient les Elites, avec un plus grand nombre de chasseurs et de Grunts aussi déçus. Le Grand Schisme semble être davantage associé à l'intellect. Les Elites raisonnement; la logique et les bonnes intentions leur ont permis de voir à travers l'abus de l'autorité religieuse exécutée par les Prophètes.
Les seuls Grunts qui sont restés fidèle aux Prophètes ont été les plus fervents adeptes de la religion Covenante (par exemple, les diacres ou Deacons). Cela pourrait aussi suggérer que les Grunts "nouveaux courageux" dans Halo 3 aurait pu être le résultat du fanatisme, plutôt que la lâcheté. Il existe des preuves à l'appui car un certain nombre de Grunts commettent des actes qui sont loin d'être lâches (ex. les Kamikazes Grunts). Il est également possible que la raison des séparatistes Grunts n'a jamais été vue dans Halo 3, car c'est peu de temps après le Grand Schisme, qu'ils sont retournés à Balaho mener une insurrection contre les diacres et les autres forces loyalistes. Les séparatistes Hunters auraient fait de même sur Te, mais cela reste encore inconnu.
Alliance Sangheili-Humain
L'alliance instable entre les Séparatistes et leurs anciens ennemis, les Humains, a été entièrement forgée par nécessité. les forces, du CSNU étaient importantes mais sur la défensive, et ils avaient deux ennemis communs qui souhaitaient leur extinction: le Covenant et les Floods. L'alliance de circonstance a été forgée dans la salle de contrôle de Halo Delta, lorsque l'Arbiter et Johnson ont été contraints de s'unir afin de prévenir l'activation du Halo par Tartarus, qui aurait tué toute vie (Brutes inclus, puisqu'elles estimaient que ce n'était que le Grand Voyage). Toutefois, l'Arbiter persuada le reste des Sangheili à adhérer aux convictions et au courage des Humains. Bien que l'expérience des deux factions avaient connu quelques sérieuses frictions, ils apprendraient à travailler les uns avec les autres pour leur survie mutuelle. Pendant les événements de Halo 3, les élites luttent aux côtés des Humains dans la bataille. Les élites ont décidé de sauver les humains de la destruction.
La flotte de l'UNSC dévastée dans l'espace de la Terre, a été heureuse d'accepter l'aide des Navires de guerre supérieurs des Séparatistes. La compréhension qu'avaient Les élites de l'équipement et des tactiques de combat de l'ennemi Covenant s'est avérée très précieuse dans la Bataille de l'installation 00. Sans cesse, les héros de la bataille, l'Arbiter et Master Chief ont combattu aux côtés de l'autre plusieurs fois dans le désespoir de ce long conflit. La présence de l'Arbiter à la mémoire de la Master Chief a indiqué que, dans le sillage de la victoire, les forces Séparatistes et humaines restaient favorables l'une à l'autre. Tout comme ils avaient fait d'énormes sacrifices pour mettre fin à la folie de Vérité et des forces loyalistes. Les élites et les humains vont probablement continuer à être des alliés et bénéficieront grandement de rester des partenaires les uns avec les autres dans l'avenir.
Avec Vérité mort, High Charity détruite, et l'Arche ayant perdu l'essentiel de la renaissante Installation 04 (II), on ne sait pas exactement ce que les forces Loyalistes restantes sont devenues… Selon le Bestiarum de Halo 3 Limited Edition, les Grunts étaient trop indécis pour continuer la rébellion et la véritable motivation politique des Hunters est toujours resté un mystère. Le Ship Master Rtas 'Vadumee a déclaré que la flotte de Vérité était détruite. Si l'un des covenants a survécu à l'Arche ou dans les ruines de leur flotte, ils ont été soit pris par les Floods ou tués lors de l' inachevée Installation 04 (II) détruite elle-même et ayant fortement endommagé l'Arche. A la fin de la cutscene de Halo 3, les victorieux Elites rejoignent leur monde natal. Avec le Pacte dissolu et la menace Flood ayant pris fin, chaque race est rentrée chez elle pour reconstruire leur monde natal.